Vụ án phố Ôn Như Hầu đã thay đổi ý kiến của một số người về vai trò của Việt Minh và Việt Nam Quốc Dân Đảng. Hoàng Xuân Hãn lúc đầu bào chữa cho Việt Nam Quốc Dân Đảng, cho rằng những người bị Việt Nam Quốc Dân Đảng tra tấn là người giàu, và những người tra tấn là thành viên Trung Hoa Quốc Dân Đảng đóng giả làm Việt Nam Quốc Dân Đảng, nhưng sau khi được đưa bằng chứng là trong các xác chết có cả Việt Minh, ông lại cho rằng họ là gián điệp.[44]

Ngày 16/7/1946, trong một cuộc họp báo, chủ tịch Huỳnh Thúc Kháng phát biểu: "Đoàn kết là cần, nhưng không thể vin vào đoàn kết để làm điều phi pháp... Những kẻ bắt cóc, tống tiền, ám sát thì phải đưa ra trước pháp luật nghiêm trị... Đây không phải vấn đề đảng phái, việc khám xét vừa rồi là việc phải làm để bảo vệ trật tự trị an".[45] Theo Gisele Bousquet, dù không có đủ chứng cớ buộc tội Việt Nam Quốc Dân Đảng, Huỳnh Thúc Kháng đã thay đổi thái độ đối với Việt Nam Quốc Dân Đảng sau vụ này,[37] ông chẳng những cảm thấy ghê tởm đối với vụ án Ôn Như Hầu, mà còn đối với việc Việt Minh lợi dụng việc này để trả thù thành viên Quốc Dân Đảng sau này[44] 

Ngày 20/7/1946, Ủy ban Hành chính Bắc Bộ dù không nhắc đến Việt Quốc đã thông báo đến các tỉnh rằng gần đây công an đã phát hiện được việc tống tiền, bắt cóc và làm tiền giả. Tất cả đều phải bị điều tra và truy tố. Ủy ban hướng dẫn các địa phương không để việc bắt bớ và giam giữ các phần tử phản động biến thành khủng bố. Các Ủy ban Hành chính địa phương giờ đã được chấp thuận cho việc bắt giữ các đảng viên Việt Quốc đã bị phát hiện hay còn tình nghi, tuy nhiên họ không săn lùng và hành quyết ngay lập tức. Trong những tháng sau đó, hàng ngàn người bị bắt, bị thẩm vấn. Hàng trăm người bị tống giam, bị đưa đến các trại cải tạo; hàng trăm người khác bị cách chức. Cán bộ phòng chính trị ở công an các tỉnh bắt những kẻ tình nghi, thẩm vấn, bắt ký vào lời khai, sau đó đề xuất lên chính quyền tỉnh là thả, xét xử hay biệt giam những người này.[38]

Theo lực lượng Công an nhân dân Việt Nam, Vụ án phố Ôn Như Hầu đã giúp chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đập tan cuộc đảo chính phản cách mạng, mà còn làm tan rã hệ thống tổ chức của một đảng phản động có thực lực nhất lúc bấy giờ, phá vỡ liên minh phản cách mạng giữa bọn phản động bên trong với thế lực xâm lược bên ngoài. Vụ án này đã cho thấy bộ mặt thật của Quốc Dân đảng chỉ là lực lượng phản cách mạng, câu kết với thực dân Pháp để chống chính quyền nhân dân. Thành công của lực lượng công an trong vụ án này đã khiến thực dân Pháp mất đi một tay sai đắc lực trong cuộc tái xâm lược Việt Nam. Việc quần chúng nhân dân tham gia hỗ trợ lực lượng công an và tiến hành biểu tình, bao vây trụ sở, gây sức ép chính trị buộc các lực lượng phản Cách mạng đầu hàng cho thấy sự ủng hộ to lớn của nhân dân với Chủ tịch Hồ Chí Minh và tính chính danh của chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa.[46]